1. Une cohabitation massive

Cet ensemble pèse entre 1,5 et 2 kg chez un adulte. À tel point qu’on parle parfois du microbiote comme d’un « organe » à part entière, certes externe à nos cellules, mais indispensable à notre fonctionnement.

2. Une acquisition non héréditaire

Le microbiote intestinal n’est pas hérité par les gènes : il s’acquiert au fil de la vie, à partir d’un nourrisson initialement quasiment stérile dans le ventre maternel.

2.1 La colonisation initiale

Les premières bactéries arrivent dès la naissance, principalement par contact lors de l’accouchement avec la flore vaginale et intestinale de la mère. Les bébés nés par césarienne ont initialement un microbiote différent — plus marqué par les bactéries cutanées et celles de l’environnement hospitalier — et certaines études suggèrent un risque légèrement accru d’allergies et de maladies inflammatoires.

L’allaitement maternel apporte ensuite des bactéries lactiques (notamment Bifidobacterium) et surtout des oligosaccharides spécifiques du lait humain (HMOs) qui nourrissent sélectivement les bonnes bactéries du bébé.

2.2 Une diversification au fil de la vie

Vers 2 à 3 ans, le microbiote intestinal atteint une diversité proche de celle de l’adulte. Il reste relativement stable ensuite, mais évolue en fonction :

• de l’alimentation : un régime riche en fibres favorise des bactéries fermentaires (production d’acides gras à chaîne courte) ; un régime riche en graisses et en sucres favorise d’autres bactéries, parfois pro-inflammatoires
• des antibiotiques : qui peuvent perturber durablement la composition du microbiote
• du mode de vie : urbanité, hygiène, contacts avec des animaux, voyages
• de l’âge : la diversité diminue chez les personnes âgées

3. Trois grandes fonctions du microbiote

3.1 Fonction digestive

Les bactéries du côlon dégradent les fibres alimentaires que nos enzymes ne peuvent pas digérer. Elles produisent des acides gras à chaîne courte (acétate, propionate, butyrate) qui nourrissent les cellules de la paroi intestinale et constituent jusqu’à 10 % de notre apport énergétique. Elles synthétisent également des vitamines : vitamine K (coagulation), B12, B9, B8.

3.2 Fonction immunitaire

Le microbiote « éduque » notre système immunitaire dès la naissance. Les bactéries commensales occupent les niches intestinales et empêchent l’implantation de bactéries pathogènes. Elles stimulent la maturation des lymphocytes et modulent l’inflammation. Un microbiote appauvri est associé à un risque accru d’allergies, d’asthme, et de maladies auto-immunes.

3.3 Fonction nerveuse (axe intestin-cerveau)

C’est une découverte plus récente : le microbiote dialogue avec le cerveau via le nerf vague, des hormones (sérotonine produite à 90 % dans l’intestin), et des métabolites bactériens qui passent dans la circulation sanguine. Des études chez la souris ont montré que la transplantation d’un microbiote d’animal anxieux modifie le comportement de l’animal receveur. L’« axe intestin-cerveau » est aujourd’hui un domaine de recherche très actif (lien avec dépression, autisme, Parkinson…).

4. Le microbiote, source de variation phénotypique

Reprenons les expériences clés sur des souris :

• Des souris élevées en milieu stérile (« germ-free ») ont un développement anormal : intestin atrophié, système immunitaire défaillant, comportement modifié, métabolisme déréglé.
• Quand on leur transplante un microbiote d’animal obèse, elles tendent à prendre du poids ; quand on leur transplante celui d’un animal mince, elles restent minces — à régime équivalent.

Ces expériences (Bäckhed et al., 2004 ; Turnbaugh et al., 2006 ; et de nombreuses autres) montrent qu’une partie du phénotype animal dépend directement du microbiote acquis — et donc de mécanismes non génétiques.